日本在台灣建立了一套完整的戶籍制度 。1945年日本撤離台灣時，美國對蔣介石耳提面命有關日本台灣人的戶籍制度一定要妥善保存，不可銷毀，其目的是等待台灣法理地位正常化時做為分辨日本台灣人身份的依據。

說明：如何確認日本台灣人的身份：申請人持中華民國身份證至戶政事務所申請父母或祖父母日治時期之戶籍謄本，如果父母之戶籍登記可以斷定是日本台灣人，申請者以此為依據
，日後規劃為日本台灣人。若父母無日治時期的戶籍登記，也不是外籍人士（含中國人），可以申請祖父母及外祖父母的戶籍謄本，祖父母及外祖父母若有日治時期的戶籍登記就證明申請者的祖先是日本台灣人，申請者仍然判定為日本台灣人。申請者之父母有一方是外籍人士，一方是日本台灣人，申請者的國籍歸屬於外籍父或母一方。

日治時期之戶籍登記如以下之範例：

台灣行政府